Основные структурные единицы:
- Институт американистики и польской диаспоры (страница на английском языке),
- Институт Ближнего и Дальнего Востока (страница только на польском языке),
- Институт европеистики (страница на английском языке),
- Институт политических наук и международных отношений (страница на английском языке),
- Институт России и Восточной Европы (страница только на польском языке),
- Институт межкультурных исследований (страница на английском языке),
- Кафедра украиноведения (страница на английском языке),
- Центр китайского языка и культуры „Институт Конфуция" (страница на английском языке),
- Центр международных исследований права, культуры и власти "Номос",
- Центр литовских исследований (страница только на польском языке),
- Институт имени Короля Сечжона,
- Центр исследований социальных наук Таубе.
Межфакультетные подразделения:
- Центр количественных исследований в области политики (страница на английском языке),
- Центр миграционных исследований Ягеллонского университета (страница только на польском языке).
Остальные подразделения:
- Польский научный центр Ягеллонского университета в Лондоне (страница на английском языке),