Заснований в 1364 році Ягеллонський університет є найстарішим університетом в Польщі і другим в Центральній і Східній Європі. Саме тут, в п'ятнадцятому столітті зародилася так звана «краківська школа права націй» (протопласт сучасного міжнародного права). На початку дев'ятнадцятого століття у нашому університеті було утворено Кафедру політичних знань.

Після відновлення незалежності Польщі в 1920 році на юридичному факультеті Ягеллонського університету була створена Школа політичних наук (ШПН), по зразку паризької Вільної школи політичних наук (École Libre des Sciences Politiques). Діяльність ШПН перервала друга світова війна, школа намагалася продовжувати свою діяльність организуючи підпільне навчання. Незважаючи на відновлення діяльності школи в 1946 році, вона була розпущена комуністичною владою в кінці 40-х років ХХ століття. У 1969 році на юридичному факультеті Ягеллонського університету почав свою діяльність Інститут політичних наук (ІПН).

У 2000 році було вирішено створити новий Факультет міжнародних і політичних досліджень. До його складу увійшли: (1) вижче згаданий ІПН (2) Інститут полонійнних та етнічних студій (створений у 1972 р.) (3) новостворений Інститут регіональних досліджень і (4) Школа польської мови та культури (яка входила до складу факультету по 2005 рік).

Об'єднання декількох інститутів було не випадково, для краківської школи характерно досліджувати політични та міжнародни явища в широкому соціальному контексті права, філософії, історії, соціології та психології.

З часом, на факультеті формувалися інші підрозділи, часто за перетворенням існуючих раніше. У 2004 році був заснован Інститут американістики та полонійних студій (до складу якого увійшов існуючи с 1991 року міжфакультетний Відділ американських студій Ягеллонського університету) та Інститут європеїстики (на базі існуючого з 1993 року міжфакультетного Відділу європейських студій Ягеллонського університету). В 2005 році було створено Інститут Росії та Східної Європи.

У 2005 році, Кафедра українознавства, існуюча с 2000 року, стала незалежною одиницею в структурі факультету. Рішенням ректора Ягеллонського університету в 2006 році частиною факультету став також Центр мови і культури Китаю «Інститут Конфуція в Кракові».

У 2008 році було створено Науково-дослідний центр Голокосту (на основі існуючої з 1996 року Науково-дослідної лабораторії Голокосту Ягеллонського університету). У свою чергу, в 2010 році створено Інститут Близького і Далекого Сходу (на основі існуючої з 2000 року Кафедри з тією ж назвою). У тому ж році було засновано Центр литовських досліджень.

У 2012 році з ініціативи Факультету міжнародних і політичних досліджень та Факультету математики й інформатики був створений Центр кількісних досліджень з питань політичної науки. У тому ж році за участю викладачів нашого факультету формується в Лондоні Польський науковий центр.

У 2013 році на основі Інституту регіональних студій почав діяти Інститут міжкультурних студій. У цьому ж році був заснован Ягеллонський центр міграційних студій. І в 2014 році було створено Ягеллонський центр африканських досліджень. Нинішня структура факультету представлена на вкладці «Структура».