Podstawowe jednostki
- Instytut Amerykanistyki i Studiów Polonijnych UJ,
- Instytut Bliskiego i Dalekiego Wschodu UJ,
- Instytut Studiów Europejskich UJ,
- Instytut Konfucjusza w Krakowie,
- Instytut Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych UJ,
- Instytut Rosji i Europy Wschodniej UJ,
- Instytut Studiów Międzykulturowych UJ,
- Zakład Studiów Polsko-Ukraińskich,
- Centrum Studiów Litewskich,
- Instytut Króla Sejonga,
- Centrum Studiów Międzynarodowych i Rozwoju UJ,
- Centrum Międzynarodowych Badań nad Prawem, Kulturą i Władzą „Nomos”,
- Taube Centre for Advanced Studies in the Social Sciences,
- LSE IDEAS CSEEP at the Jagiellonian University.
Jednostki międzywydziałowe
- Centrum Badań Ilościowych nad Polityką,
- Jagiellońskie Centrum Badań Afrykanistycznych,
- Jagiellońskie Centrum Studiów Migracyjnych.
Pozostałe jednostki