Podstawowe jednostki
- Instytut Amerykanistyki i Studiów Polonijnych UJ
- Instytut Bliskiego i Dalekiego Wschodu UJ
- Instytut Europeistyki UJ
- Instytut Konfucjusza w Krakowie
- Instytut Nauk Politycznych i Stosunków Międzynarodowych UJ
- Instytut Rosji i Europy Wschodniej UJ
- Instytut Studiów Międzykulturowych UJ
- Katedra Ukrainoznawstwa
- Centrum Badań Holokaustu
- Centrum Studiów Litewskich
- Instytut Króla Sejonga
- Centrum Studiów Międzynarodowych i Rozwoju UJ
Jednostki międzywydziałowe
- Centrum Badań Ilościowych nad Polityką
- Jagiellońskie Centrum Studiów Afrykanistycznych
- Jagiellońskie Centrum Studiów Migracyjnych
Pozostałe jednostki